報告題目：Inference of disease-associated microbial biomarkers based on metagenomic and meta-transcriptomic data 

報 告 人：劉丙強（山東大學數學學院）

報告時間：2022年5月31日下午3:00-4:00

報告形式：騰訊會議ID：831-2842-9068

內容簡介： Unveiling disease-associated microbial biomarkers is rucial for disease diagnosis and therapy. However, the heterogeneity, high dimensionality, and large amounts of microbial data bring tremendous challenges for fundamental characteristics discovery. We present IDAM, a novel method for disease-associated biomarker inference from metagenomic and meta-transcriptomic data, without requiring prior metadata. It integrates gene context conservation (uber-operon) and regulatory mechanism (gene co-expression patterns) through a mathematical graph model. We applied IDAM to inflammatory bowel disease, melanoma, Type 1 diabetes mellitus, and irritable bowel syndrome associated datasets, and demonstrated its superior performance in biomarker inference. IDAM is freely available at https://github.com/OSU-BMBL/IDAM.

報告人簡介：劉丙強，山東大學數學學院教授、博士生導師，副院長。2003年畢業于山東大學數學學院基礎數學專業，獲學士學位。2010年畢業于山東大學數學學院運籌學與控制論專業，獲博士學位，導師為李國君教授。其間于2007年1月至2010年1月赴美國喬治亞大學聯合培養，合作導師為徐鷹教授。畢業后留山東大學數學學院從事教學科研工作。主要研究方向為利用圖與組合優化的模型與理論針對基因表達調控中的系列計算問題進行算法設計與數據分析，包括轉錄調控相關元件的計算預測、調控網絡構建與分析等，近年來更多關注單細胞多組學數據和微生物組學數據方面的分析方法。承擔國家重點研發計劃、國家基金委面上項目、青年基金等科研項目。

（撰稿人：雷錦志；審稿人：郭永峰）

數學科學學院

2022年5月27日